Hedef dışı avlanma, nesli tehlike altında olan türler oltaya/ağa takıldığında bir probleme dönüşür. Sayıları hali hazırda azalmış olan bu hassas türler için hedef dışı avlanma son derece gereksiz bir kayba neden olur. Bunun yanında hedef dışı avlanmanın problem olması için yakalanan türlerin neslinin illa tehlike altında olması şart değildir. Bazı yaygın türler çok büyük miktarda hedef dışı avlanıyorsa bu durum sürdürülebilir olmayacağından ileride tür için sorun teşkil edecektir.
Hedef dışı avlanma;
• biyoçeşitliliği azaltabilir,
• su tabakalarındaki canlı kütlelerinin yerini değiştirip ekosistemi rahatsız edebilir (örneğin normalde dipte yaşayan bir balık türünün trol ile hedef dışı avlanıp sonra deniz yüzeyine dökülmesi bu biyokütlenin dipten yüzeye insan eli ile çıkmasını sağlar),
• uzun vadede özellikle dipten yüzeye çıkarılan bu canlı kütlesinin denizde geri dönüşümü normal süreçler ile gerçekleşmeyebilir, dolayısı ile denizdeki besin ağı bu durumdan etkilenebilir.
